De la Pitești, Ștefan a fost transferat la Poarta Albă, fiind eliberat în decembrie 1952. A lucrat o scurtă vreme ca topograf și a încercat să își continue studiile universitare. A fost rearestat în 1954, înainte de prima sesiune de examene a anului III de facultate. A fost pus în libertate după opt luni, cu sănătatea zdruncinată. A fost arestat pentru a treia oară pe 29 noiembrie 1956, pentru simplu motiv că revoluția maghiară produsese o undă de panică în blocul est-comunist, iar Securitatea trecuse la arestări preventive în rândul celora pe care îi considera suspecți.

În timpul acestei detenții îi va povesti lui Paul Goma, într-o celulă din Reduitul Jilavei, despre experiența sa în acțiunea violentă de la Pitești, iar pe baza mărturiei sale Goma va scrie peste ani cartea care a făcut cunoscută drama tinerilor torturați la Pitești și Gherla.

Eliberat din închisoare după trei ani, a primit domiciliu obligatoriu în Lățești, Bărăgan, unde a fost obligat să locuiască până în 1963.

Aspecte din cadrul întâlnirilor membrilor „grupului subversiv” - Securitatea a considerat pozele de la nunțile și botezurile unui grup de prieteni, foști deținuți din Târgu Ocna (unii trecuți și prin Pitești), drept dovezi ale continuării activității anticomuniste în libertate. Un cărucuior pentru copil, primit în dar, a fost interpretat ca „ajutor legionar”. Au fost condamnați în 1959 la pedepse între 5 ani și muncă silnică pe viață.